Het museum is een initiatief van Stichting Informatiecentrum De Noordwester. Hier werd voor het eerst, kort na het jaar 2000, gesproken
over het mogelijkerwijs realiseren van een bunkermuseum in de duinen op een plek waar ooit een daadwerkelijke opstelling van de Duitse
bezettingsmacht heeft gelegen.

In 2012 is een gezamenlijk initiatief gestart met alle Nederlandse Waddeneilanden om subsidie van het Waddenfonds te verkrijgen. Daarmee kon het herstel van delen van de Atlantikwall in 2017 worden gestart. Het bunkermuseum Vlieland heeft daarnaast subsidie van de
Provincie Friesland, de Gemeente Vlieland en donaties particulieren ontvangen.

Ons plan was om de vrijwel geheel onder het zand gestoven stelling weer in oude staat te herstellen. De houten bunkers waren na de oorlog gesloopt en gebruikt als bouwmateriaal. De fundering was wel hier en daar te vinden. De betonnen bunkers waren deels gesloopt. Dit om toegang te verhinderen. Alle loopgraven waren tot drie meter zand verdwenen. Het hele complex moest aan de hand van bouwtekeningen uit Duitsland in kaart worden gebracht. Daarna is begonnen met het uitgraven en herstellen en reconstrueren van bunkers en loopgraven. Ook werd er een nieuwe ontvangstbunker gebouwd die geheel onder de grond kwam te liggen. In juni 2020 was de renovatie en inrichting zover dat het museum voor bezoekers kon worden opengesteld. Bezoekers en donateurs maken de verdere ontwikkeling en uitbreiding van de collectie mogelijk.